La gestion du contenu de votre iPod Shuffle est assez intuitive lorsque vous utilisez le logiciel iTunes. Vous pouvez permettre à iTunes de synchroniser automatiquement les nouvelles chansons sur votre iPod Shuffle lorsque votre brancher sur votre ordinateur, ou vous pouvez le configurer de sorte que vous ajouter et supprimer manuellement des chansons à votre guise. Si vous souhaitez supprimer le contenu que vous avez mis sur votre iPod, ou effacer quelque chose qui iTunes automatiquement ajouté, tout ce que vous devez faire est de pointer et cliquer avec votre souris et appuyez sur quelques boutons de votre clavier.