Comme tous les iPods, l'iPod Nano est conçu pour fonctionner avec iTunes. Cela ne veut pas le seul programme, il va travailler avec, cependant. Il existe de nombreux programmes disponibles qui peuvent faire presque tout ce que iTunes CAN- certains peuvent même faire plus. L'utilisation de ces programmes permet de mettre de la musique sur un iPod Nano sans avoir à installer ou utiliser iTunes.