Avec chaque nouvelle version des jeux Pokemon, des problèmes se produisent et il pourrait être un avantage ou d'une catastrophe. Dans la plupart des cas, cependant, il a tendance à être sur le côté positif du spectre. Quelques pépins positifs comprennent des éléments supplémentaires acquises, Pokemons supplémentaires et la possibilité de cloner un Pokémon. Jusqu'à Pokemon Fire Red et Green Leaf, le pépin de cloner un Pokémon est encore possible mais beaucoup plus difficile et souvent plus risqués que les versions précédentes.