Pour protéger votre ordinateur contre les logiciels malveillants, Windows 8.1 dispose d'un mini-application anti-virus appelé Windows Defender qui scanne les fichiers ou d'applications infectés. En plus d'une option d'analyse rapide, Windows Defender offre également une option à balayage complet qui scanne votre ordinateur de manière plus approfondie, si le temps qu'il faut pour compléter un balayage complet peut dépasser une heure, selon Microsoft. Avant de lancer une analyse complète de votre ordinateur, cependant, vérifier que Windows Defender présente les dernières définitions de virus installés.