Linux organise les fichiers dans des hiérarchies de répertoires, comme la plupart des autres systèmes d'exploitation. Linux est beaucoup plus souvent utilisé à partir d'un "invite de commande" que les autres systèmes d'exploitation courants tels que Windows, ce qui signifie que l'utilisateur tape les commandes dans un terminal de texte pour effectuer des tâches. Un "annuaire" est créé avec le "mkdir" commande. Elle représente un groupe nommé de fichiers, analogue à un dossier qui peut contenir de nombreux documents distincts qui sont liés d'une certaine façon. Un répertoire peut contenir d'autres répertoires ainsi que les fichiers.