Exécution d'une analyse régulière de protection ne résout pas toujours les problèmes de spywares, virus ou logiciels malveillants, car parfois ces envahisseurs creusent profondément dans votre ordinateur. Ils peuvent alors activer chaque fois que vous démarrez ou détourner votre programmes anti-virus et de les empêcher de faire leur travail. Si vous rencontrez des problèmes pour exécuter un scan avec Spybot Search and Destroy, mettre votre ordinateur en mode sans échec en premier afin qu'il ne charge que les programmes essentiels.