Comme son concurrent iPod, le Zune utilise un logiciel pour ajouter, supprimer ou transférer de la musique et d'autres fichiers multimédias. Comme iTunes, le logiciel Zune vous permet de synchroniser automatiquement votre bibliothèque musicale sur votre Zune. Cela peut poser un problème si vous ne voulez pas les fichiers ne sont plus dans votre bibliothèque pour être supprimé de votre Zune. Utilisation de votre logiciel Zune, vous pouvez désactiver la fonctionnalité de synchronisation automatique pour arrêter cela.